Cơ cấu tổ chức bộ máy của Trung tâm gồm:
Ban lãnh đạo: Giám đốc và các Phó Giám đốc;
Các phòng chuyên môn, gồm:
+ Phòng Tổ chức – Hành chính;
+ Phòng Công nghệ Thông tin;
+ Phòng Ngoại ngữ;
+ Phòng Giáo dục thường xuyên;
Các tổ chức đoàn thể, gồm:
+ Tổ chức Đảng;
+ Tổ chức Công đoàn;
+ Tổ chức Đoàn TNCS HCM.
