Cơ cấu tổ chức bộ máy của Trung tâm gồm:
Ban lãnh đạo: Giám đốc và các Phó Giám đốc;
Các phòng chuyên môn, gồm:
+ Phòng Hành chính – Tổng hợp – Giáo vụ;
+ Phòng Công nghệ Thông tin và Truyền thông;
+ Phòng đào tạo Ngoại ngữ;
+ Phòng GDTX -Tư vấn hướng nghiệp và Giáo dục nghề phổ thông;
+ Phòng đào tạo, bồi dưỡng và quản lý khoa học.
Các tổ chức đoàn thể, gồm:
+ Tổ chức Đảng;
+ Tổ chức Công đoàn;
+ Tổ chức Đoàn TNCS HCM.
